В июне 1991 г. братством святого благоверного великого князя Александра Невского, которое только что организовалось в Переславле — Залесском,  в здании бывшей женской гимназии (ул. Советская, 22) была открыта воскресная школа для взрослых и детей. Активистами братства и воскресной школы явились иерей Сергий Климов, Е. Стась, Г. Куманько, К. Холодова, Т. Ценева. На собрании братства было принято решение, по примеру тоже только что открывшихся к тому времени Православной гимназии о. Артемия Владимирова в Ясенево (Москва) и Православной гимназии о. Николая Лихоманова (Тутаев), организовать Православную гимназию и в Переславле.

26 сентября 1991 г. Переславская Православная гимназия была зарегистрирована по адресу ул. Советская, 22 с 20 учащимися 1-3 классов. Духовным наставником гимназии  в то время был священник Сергий Климов, настоятель Георгиевского храма с. Веськово. Вскоре его помощником в устроении гимназии становится священник Андрей Кульков, бывший учитель русского языка и литературы средней школы № 1.

В сентябре 1992 г. гимназия переезжает в здание бывшего детского сада «Елочка», которое делит с Центром  социальной защиты «Надежда». В то время в гимназии уже учится 50 учеников с 1 по 5 классы и при ней действуют воскресная школа и катехизаторские курсы для взрослых. Директором гимназии становится  священник Андрей Кульков, завучем Вера Федоровна Забавина, учителями работают Супрун Антонина Николаевна, Акимова Надежда Анатольевна, Лихарева Валентина Петровна, Николаев Анатолий Павлович (ныне покойный монах Даниил), Талейкина Людмила Николаевна, Козмова Цесанна Ираклиевна, Базлова Роза Николаевна, Кулькова Ксения Евгеньевна.

С августа 1993 г. гимназия размещалась в здании бывшего детского сада по ул. Садовой (дом № 8). С 1993 по 1997 г.г. директором гимназии была К.М. Холодова, духовником иерей Андрей Кульков. В ноябре 1996 г. владыка Михей благословил устроить в гимназии домовую церковь в память Переславского чудотворца благоверного князя Андрея Смоленского и выдал в школьный храм Св. Антиминс.  В день памяти святого (9 ноября) в домовой церкви совершилось первое Архиерейское Богослужение.

В январе 1997 г. (на Рождество Христово) вышел первый номер газеты «Ковчег», учредителем которой явилась Православная гимназия.